O movimento defensor das causas homossexuais, o LGBT (Lésbias, Gays, Bissexuais e Travestis), tem tentado impedir a atuação das Capelanias Evangélicas em hospitais. O grupo tem realizado acusações difamatórias à Associação de Capelania Evangélica Hospitalar, principalmente à capela Eleny Vassão de Paula Aitken, que atua no Centro de Referência e Treinamento em DST-AIDS (CRT-AIDS), e no Instituto de Infectologia Emílio Ribas, na cidade de São Paulo.
Artigos e comentários publicados na internet referem-se ironicamente ao trabalho realizado pelas capelanias evangélicas, em um dos textos, de Cláudio Celso Monteiro Jr. cita, traz o título “A homofobia (institucional) nossa de cada dia”, e outro, “Fundamentalismo religioso invade hospitais brasileiros”, de Ricardo Aguieiras. Também foram dirigidas críticas à Igreja Presbiteriana do Brasil, ao ser citado o livro “A missão da igreja gente a AIDS”, publicado pela Editora Cultura Cristã, há quase 20 anos.Nos textos os grupos evangélicos são acusados de “homofobia”, “atendimento espiritual de maneira invasiva” e até de “sérias falhas em questões de biossegurança”. Mas, além da manifestação realizada através dos artigos as acusações já foram também realizadas verbalmente, direcionadas às diretorias dos hospitais que recebem assistência das capelanias evangélicas.Desta forma, o trabalho dos evangélicos nos hospitais está correndo risco de ser interrompido, já que a Coordenação de Políticas para a Diversidade Sexual e Secretaria de Justiça e Defesa da Cidadania da cidade de São Paulo tem apoiado o posicionamento dos grupos LGBT.Com um tradicional trabalho de mais de 30 anos e atuante em mais de 200 hospitais brasileiros, a Associação de Capelania Evangélica Hospitalar, numa tentativa de se defender seu trabalho e também de alertar a igreja brasileira sobre a situação, lançou uma nota em seu site convocando todos para um abaixo-assinado virtual, como apoio à instituição.
